1) Prestashop'un SEO açısından hem avantajları hemde dezavantajları var. Ürün bazlı, kategori bazlı meta title ve meta description kısımları ile özgün açıklamalarla ürün girebilirsiniz.
Dezavantajlarından bir tanesi prestashopun link yapısı. Prestashop link yapısında ID'leri barındırır. Kategorilerde ID'lerin olması google tarafından sevilmemekte. Bu sorunuda ücretli modüllerle çözebilirsiniz.

2)Açık kaynaklı olduğu için düzenleme yapabilirsiniz.

3)Payu,iyzico gibi firmalarla anlaşma yapmanız için önce şirketinizin olması gerekmektedir. Önce başvuru yapıp sonrasında onaylandıktan sonra payu,iyzico gibi firmaların sanal poslarını kullanabilirsiniz. Vergilendirme konusunada gelirsek para kazandığınız şeyler için devlete vergi ödemek zorundasınız. Faturada keseceğiniz için vergilendirmeden muaf kalamazsınız.

4) Her modül ve her tema için farklıdır bu durum. Lisanslamısını tek domain üzerine yaparlarsa kullanamazsınız. Bunu modülü ve temayı kodlayan kişi ile konuşmanız daha sağlıklı olacaktır.

5)Payu için ortak ödeme sayfası kullanacaksan ssl sertifikası kullanmanı tavsiye ederim. Kullanmasanda tavsiye ederim açıkçası.

6)Önce default olarak kurup Temalar kısmından temanızı yükleyebilirim ve kurulumunu yapabilirsiniz.

7) Link yapısının tema ile alakası yoktur. Tema değişince link yapıları değişmez.