Sorun araştırılıp çözülmüştür.
<%# %> Kodları arasında if kullanamıyoruz ancak if'in kısa kullanım hali olan ? ve else için : kullanabiliyoruz.

Kod aşağıdadır.

checked='<%#Eval("Cevap").ToString()=="A" ? true:false %>'

Bu kod radio butonun içerisindedir. Her radio buton için bu tarz koşullar koydum.

Umarım başkalarının işine de yarayacaktır.