wordpress çekirdeğinin php 5.3 sürümü ile bir sorunu yok. Güvenlik konusunda da sıkıntı olmayacaktır ama kullanılacak plugin ve temaların php versiyon 5.3'ü desteklememesi mümmkündür. Örneğin wp engine modüllerinde php 5.3 sürümü için desteğini kestiği ile ilgili bir duyuru paylaşmıştı buradan bakabilirsiniz.