sitenizin yedeğini alıyormuydunuz eğer yakın bir zamanda aldıysanız hiç uğraşmayın yedeği yükleyin ama yedek almayacaksanız işlem çok uzun ftp şifresini değiştirewrek işe başlayın size vereceğim konuyu oluyarakta yapabilirsiniz.

https://www.isimkayit.com/index.php/knowledgebase/31/Web-Siteme-Bulaan-Virusleri-Nasl-Temizlerim--iFrame-Virusu.html