Sayfa yapısını aşırı etkiyen ciddi hatalar olmadığı sürece sorun olacağını sanmıyorum.
HTML ve CSS standartlarını W3C belirler ve denetleme araçları bu standartlar ile çalışır, örneğin -moz, -webkit ile başlayan satırlarda hata verecektir, çünkü bunlar tarayıcıya yönelik css hack lerdir ve resmi w3c de yer almazlar. (İpucu, -moz, -webkit, vb. kullanmadan çalıştırmanın en kestirme yolu prefixfree kullanmaktır.)
bootstrap.css de bile (css 2.1) 384, (css 3) 261 hata olduğunu söylüyor.
Minify edilmiş dosyaları da düzgün parse edemediği için parse hataları dahi veriyor.
.