joomla için hangi seo eklentisi kullandığın çok önemli Eskiden xmap vardı ama yeni sürümle beraber osmap kullanmalısın. xmap ın hiçbir hükmü kalmadı.
Bu durum sitelerinin performansına etki eder diye düşünüyorum.
Google web master tools a mutlaka bakmalısın. site haritanda indexleme hataları varmı. Zaten sana uyarı göndermiş olmalı.
Ayrıca robot.txt yeni sürümle beraber değişti. ftp den girerek yeni robot.txt.dist i hazırlamalı öncekini silip yeni yaptığını dist ini silerek ueniden yayınlamalısın.