Bunun için yönlendirme yapman gerekli diye biliyorum. Yani mobil siteyi m.siteadin.com olarak ayarlarsan mobilin ana dizini "m" subdomainine kayıtlı olacaktır. Orayada dosyaları attığın zaman "m" klasöründeki logoyu ftp'den farklı ayarlayabilirsin..

Üstteki söylediğim zahmetli ve uğraştırıcı bir yol. Subdomain olmasıda sitenizin içeriği nasıl bilemem ama farklı bir domain olarak algılanacağından google'de o şekilde de indekslenecek. Tabi onu engelleyedebilirsin.

Muhtemelen php ile yada javascript ile bir yolu vardır. HTML &CSS ile çözülmeyeceğini düşünüyorum. Çünkü eklediğin kodlar mobildede masaüstündede gözükecek..

Ama belki Responsive desteğiyle olabilir. logonu div içine alırsın ve responsive css 'de logo yolunu değiştirebilirsin.