Selamun Aleyküm,
Aşağıdaki konulara göz attınız mı bilmiyorum.
İlgili hukuk sitesinde "Ancak yazılım içinde buluş niteliğinde bir bölüm (örneğin bir yazılım algoritması) içeriyorsa bunun için patent başvurusu yapabilirsiniz." şeklinde bir ibare var.

www.turkpatent.gov.tr ile irtibata geçmeniz daha net bilgi almanızı sağlayacaktır. Başarılar.

Mevcut yasalar, bilgisayar programlarını, patent koruması dışında sayıyor...
http://www.bilisimdergisi.org/s132/pdf/112-119.pdf

Yazılımın patenti nasıl alınır?
http://www.turkhukuksitesi.com/showthread.php?t=87671