Öyle bir zorunluluğunuz yok, ben her iki araçlada çalışıyorum fakat başlangıç için rahatlık ve ortam kurulumlarının kolaylığı şart yoksa 2 satır kod yazıp, 1 output alacam diye debelenip durursunuz.
Eğer ben azimliyim, uğraşırım yılmam diyorsanız. Sallayın NetBeans'i, Eclipse'i java tarafında en kaliteli IDE IntelliJ IDEA'dır. Community versiyonu dahi olsa bu mükemmel ide ile geliştirmeye başlayın.
Ben NetBeans ile başladım, halada kendi projelerimde ara ara kullanırım, Eclipse'i 1.5 yıl çalıştığım bir şirkette kullandım pek sevemedim açıkcası esnek yapısı olmasına rağmen proje genişleyince dağılıyor ve maven entegrasyonu o kadarda iyi değil. Şuan IntelliJ kullanıyorum ve oldukça memnunum.
IDE alışkanlık işidir, o yüzden bence başlangıç için size hazır sunan ide'den başlayın ;)
Bilgi her daim faydalıdır ;)