@mahmutkandemir aracılığıyla sorunu hallettik.
Aynı sorunu yaşayanlar olabilir diye buraya yazıyorum: Cpanel'den PHP versiyonunu 5.6'dan 5.3'e çektik. Arkadaş birkaç ince ayarda yaptı, ancak PHP versiyonunun önemli bir etkisinin olduğunu düşünüyoruz.
Her şey için kendisine teşekkür ederim.
Ek Olarak: Arkadaşlar sorunu hallettik demiştim ancak erken konuşmuştum malesef.
Sorunun bir kısmını halletmişiz meğer, geri kalan kısmı devam ediyordu. Site bazen hızlı açılıyordu bazen açılışı uzun sürüyordu. Eskiden daha sık geç açılırdı, artık arada bir geç açılır oldu. Makalelerde dolaşırken bir makale anında açılırken diğeri geç açılıyordu. Admin paneli de böyle, bir sayfa hızlıca açılırken diğer sayfa geç açılıyordu. Sanki rastgele geç açılma döngüsü vardı. Ne zaman denk gelirse... Hatta admin panelde biraz dolaşıp birkaç işlem yapınca CPU yine tavan yapıyordu. Eskisi kadar sık olmasa da uğraşınca böyle oluyordu.
Bugün sorunumu kökünden hallettim. Artık o eski CPU derdim kalmadı. Neler yaptığıma gelirsek:
Önce test alan adına sıfır wordpress kurulumu yükledim. Phpmyadmin'den baktığımda normal site ile test sitesi arasındaki veritabanı tablo türlerinde farklılık gözlemledim. Test veritabanındaki tablolar INNODB türündeydi. Sitemin veritabanındakiler ise MYISAM türündeydi. Bunu farkettikten sonra:
WordPress veritabanındaki tüm tabloları INNODB türüne dönüştürdüm. SQL sekmesine tıklayıp aşağıdaki sorguyu girdim:
ALTER TABLE wp_comment ENGINE=InnoDB;
ALTER TABLE wp_commentmeta ENGINE=InnoDB;
vesaire... Bu şekilde tüm veritabanlarımın türünü dönüştürdüm.
WordPress admin panelinde hızlanma gözlemledim. Sıra geldi makale hızlarını kontrol etmeye... En çok tutulan makalemi kontrol ettim ancak 30 saniyeden uzun sürede açıldığını gördüm. Sorun yine mi çözülmedi derken hızlı açılan makaleler aklıma geldi. Görülen o ki sitemde sadece bu 30 saniyede açılan makale ve birkaç makale dışındakiler hızlı açılıyordu. Geçmişte ilgili makalenin ve başka makalelerin permalink'lerini değiştirmiştim, daha sonra 404 hataları sebebiyle eski hallerine geri döndürmüştüm. Bunun bir hataya sebep olduğu ve veritabanına yük bindirdiğini düşündüm. Böylece:
Geç yüklenen makalemi editörle açıp Metin moduna geçtikten sonra içindekileri Windows'ta bir metin belgesine kopyaladım, etiket, kalıcı bağlantı yapısı, kategorileri, öne çıkan resmi vesaire ne varsa bunları da ekleyerek makaleyi önce çöpe taşıdım sonra kalıcı olarak sildim. Daha sonra yeni yazı oluşturarak tüm aldığım bilgileri aynen geri girdim ve yeni makaleyi oluşturdum. Test ettiğimde aynı makalenin yeni hali çok daha hızlı yüklendi. 30 saniyede yüklenen makale artık yarım saniyede yüklenir oldu. Bu şekilde en çok tutulan makalelerimden sorun çıkaranları hallettim.
Sonuç:
Artık %99,5-100 işlemci kullanımı geride kaldı. İşte işlemci kullanımıma dair ekran görüntüsü:
Son bir saatin işlemci kullanımına ait ekran görüntüsü. İşlemcinin tavan yaptığı zamanlar sorunları çözmeye uğraştığım zamanlardı. Sorunu çözdükten sonra yönetici panelinde gezip, özellikler etkinleştirip pasifleştirdiğim halde, makalaleler yayımladığım halde işlemci bir daha tavan yapmadı gördüğünüz üzere.
Şuan ki mutluluğumu, sorunu nasıl çözdüğümü en ince detaylarına girerek hikaye tarzında sizlere anlatarak paylaşıyorum. Umarım benim gibi işlemci sorunu yaşayayanlar bu konu sayesinde çözüme ulaşabilir. 
