Sorun çözüldü.

if(is_single()){ kısmı ve

return $content;

add_filter öncesine aşağıdaki şekilde eklendi.

function wpb_last_updated_date( $content ) {
$u_time = get_the_time('U');
$u_modified_time = get_the_modified_time('U');
if ($u_modified_time >= $u_time + 86400) {
$updated_date = get_the_modified_time('j F Y');
$custom_content .= '

Son Güncelleme '. $updated_date .'

';
}
if(is_single()){
$custom_content .= $content;
return $custom_content;
}
return $content;
}
add_filter( 'the_content', 'wpb_last_updated_date' );