Ana sitenizde veri tabanı kullanıyorsanız ( MySQL ) Falan zarar görür. Netice itibari ile php scriptler hacklendiğinde sunucunuza ait veritabanına giriş şifreleri alınıyor.
Veritabanları ayrı ayrı.. veritabanlarına ulaşacaklarını sanmıyorum. Ama httpdocs içersine ulaşıp da orada ki config dosyasından veri tabanı bilgilerini de alabilirler. Ben sadece httpdocs klasörüne ulaşıp ulaşamayacakları konusunda endişeliyim.