MyISAM ve InnoDB veri depolama yönetimidir yani ilişkisel olup olmamasıyla alakası yoktur. Bir yerde yanlışın var MyISAM konusunda.
Hocam teşekkürler, cevabınız üzerine aynı sorguları MyISAM ile de denedim çalıştı, sıkıntı sorgudaymış, MySQL ortamına alışmaya çalışıyorum da kafam çok karıştı. Biraz araştırdım InnoDB'ye göre yapılmış komutlar görünce o kafamı karıştırdı.