MySQL InnoDB'yi kullanabilirsin. İlişkisel tablolar dizayn etmek istiyorsan. MySQL'in avantajı yapacağınız işe göre dolu engine'leri mevcuttur.

Diğer bir alternatif olarak PostgreSQL 'i önerebilirim. Kendi uygulamalarımda PostgreSQL hep kullanırım.

MsSQL(SQL Server)'ın sıkıntısı, paralı olması ve bedava versiyonlarında veri depolama limitleri vardır. Hatırladığım kadarıyla SQL Server 2008'de 4GB'a kadar veri depolamaya izin veriyordu, sonraki versiyonlarında 10 yada 12 GB'a kadar izin verir. Eş zamanlı 8 yada 10 bağlantıya izin verir gibi limitasyonları vardır.

MySQL'de bu mantıksal olarak sınırsızdır ama pratikte limiti vardır tablespace'e göre fakat milyonlarca veri depolamanıza izin verir.

Tavsiyem MySQL InnoDB yada PostgreSQL'dir. Bedava ve açık kaynak her daim daha iyidir.