CuteFtp Kesinlikle güvensiz. Sayfalara bulaşan zararlı kodlar genelde bu program üzerinden oluyor.
FileZilla bence kesinlikle en iyisi ve en hızlısı.

Ek Olarak:

Sürekli güncelleme gelmesi iyi dir demek ki geliştiriliyor var ise açık kapatılıyor.
Şahsi fikrim güncellemeden yana dır zira bu geliştiğini gösterir. Her güncellemede ne yenilik geldiğini yazmakta.