http://www.sunucuyonetim.com/eski/linux-ioncube-kurulumu.html
burdaki yönergeleri izleyip kuruyorsun..
en son daki zend .so dosyası 5.3 olduğu için bu sitede 5.2 ekleyin diyor sen bu kodu ekliyrsun php.ini dosyasına
Php 5.3 için
zend_extension="/usr/local/IonCube/ioncube_loader_lin_5.3.so
zend_extension_ts="/usr/local/IonCube/ioncube_loader_lin_5.3_ts.so
sonra php -v yapıp kontrol edebilirsin kolay gelsin