Hepsinin cevabı burada:

http://codex.wordpress.org/

Sen bu sorduğun sorularla sıfırdan bir tema yapmanın cevabını arıyorsun. Çok ayrıntılı işler. Belirli bir standartı yok. Her temanın kendine göre bir yapısı var. Codex'de arattırırsan hepsini bulursun.
Önce ategorileri listelemeyi öğren. Daha sonra widget yapısını öğren.