Yazalı çok olmuş ama basit bir yöntem söyleyeyim..

E-posta hesaplarına gelen mailler FTP bağlantısı yaptıgınızda ana dizindeki mail klasörü altındaki klasörlerde saklanır..

İlgili hesabın klasörüne girip new dizinine geçerek içeriğini temizlerseniz bir nevi tüm mailleri silmiş olursunuz.. :)