1. Veritabanı için pdo_mysql kullanın yada yine pdo kullanan hazır class'lardan biri olabilir. Laravel'in kullandığı Eloquent benim çok hoşuma gidiyor örneğin.

2. Template sistemi olarak en yaygın kullanılanı Smart ancak twig yada blade'de olabilir.

3. PHP kısmında yapabiliyorsanız herhangi bir framework ile yazmanız işinizi kolaylaştırır. CMS önplana çıksın derseniz microframeworkler de çok iyi işinizi görür. F3 microframework güzel olabilir mesela.