Hem script hemde alan adı değişikliğine gideceksen, bir nevi yeni bir site açıyorsun demektir. Yani en azından google'ın ve diğer arama motorlarının gözünde böyle görünecek.

Önerim ise; yeni siteyi açtıktan sonra bir önceki sitedeki index'leri tamamen google'dan kaldırtman. Bunuda google webmaster tools'a girip yapabilirsin. Ve yine yeni sitenin sitemap dosyasını da google webmaster tools'a eklemen iyi olacaktır.