Ek Olarak:
Bir de Google Webmaster Tools kullanıyorsanız eğer, Tarama kısmından "Google bot gibi getir" kısmından sitenizi taratın hata veriyor mu kontrol edin. Oradaki bilgiler çok işinize yarayacaktır eğer sorun varsa sitenizde oradaki bilgilerden yola çıkarak çözebilirsiniz.
Aynı sorunu bende bir sitemde yaşıyorum henuz araştırma şansım olmadı ancak robots.txt standart olmasına rağmen sorun yaşıyorum. Ilk 5te cikiyor site kelimesinde ancak bir post ile ckkiyor ana sayfa yok :)
bot gibi değilde google gibi getir var ondan mı bahsediyorsunuz?