Virüs ile alakası yok. Bahsedilen script safe_mode = off konumunda çalışmaktadır. Çoğu hosting firması safe_mode = on yapmaz çünkü bu büyük bir risk taşır. Önerim hosting firmanızı değiştirerek safe modu kapalı bir firma seçmeniz ve hosting paketini almadan önce müşteri temsilcisiyle iletişime geçerek sunucularında safe mode off a izin verip vermediklerini sormanız gerektiğidir.
Tespitiniz doğru hocam fakat bütün indexler off gözüküyor sıfırdan mı yükleme yapılacak yani yeni içerik mi girmem gerekli :(