Sitenizde iframe virüsü bulunması da yüksek ihtimal. Ben kabaca baktım ama bulamadım. Ayrıca .htaccess ile ilgili bir sıkıntınızda olabilir. Yani silinmiş olabilir veya muhtemelen son şeklinde değiştirdiğinizi düşündüğüm temanın javascript kodları şifreliydi. Eğer tema değiştirmeyecek iseniz, bunları decode etmeniz gerekli. SQL yedeğinizi alın ve tema değiştirip, Wordpress dosyalarının da yenisini yükledikten sonra burayı inceleyin ve Google Webmaster Araçlarından siteniz ile uyarıları tekrar kontrol edin. Ardından değerlendirme talebinde bulunun. Kolay gelsin.