Eğer NGİNX+Php-fpm varsa Cpu kullanımının %100 görünmesi normal olarak karşılanabilir aslında. Sitenizde yoğun bir trafik varsa ve saniyede 2-3 sorgu alıyorsa, bu php-fpm nin tüm yükü üzerine almış gibi davranmasına neden oluyor. Şöyle düşünün eğer gerçekten %100 bir cpu kullanımı olsa 101. kullanımda sunucunuzun kilitlenmesi gerekir mantıken ama sizde böyle bir durum yok, çünkü bu olağan bir durum.

Aşağıda Webuzo panel kurulu 2 aydır hiç reboot görmemiş bir vpsnin ram ve cpu kullanım görüntüleri mevcut.Site yoğun bir site değil bunu önceden belirteyim.
http://prntscr.com/619tg2

Stabil durumda %1-%4 arasında bir cpu kullanımı mevcut.
http://prntscr.com/619tr0

Tek bir sayfa açtığımda cpu durumu. %27 - %35 arasında gidip geliyor.
http://prntscr.com/619u82

Böyle ufak ayrıntılara takılmayın. Yada php-fpm.sock ile ilgili araştırmalar yapın, port üzerinden çalışan php-fpm ile arasındaki farkları öğrenmiş olun.