Söylediklerinizi anlamakta güçlük çekiyorum, işletim sistemini ssd ye kurmanız performans açısından önerilir. SSD yi Sata3 soketine bağlayın, hddyi Sata 2 soketine bağlayın. Temiz bir kurulum yapın yine aynı durum söz konusu olursa, imkanınız varsa ssdyi başka makineye takarak teste tabi tutun. Sata 3 soketiniz yada ssd hasar görmüş olabilir. Dediğim gibi söylediğinizi ve sorunu tam anlayamadım bu yüzden anladığım kadarıyla öngörüde bulunuyorum.