CSS z-index ile düzeltilebilir. Resimden tam anlayamadım ama katmanların görünürlük sırası z-index ile düzeltilir.
Mesela:
.katman1{z-index:9999;}
.katman2{z-index:9998;}

katman1'in z-index değeri büyük olduğundan katman2'nin üzerinde görünür.
Ayrıntılı bilgi:
http://www.w3schools.com/cssref/pr_pos_z-index.asp