Mycnf ayarlarında başka sorun kalmamıştır o zaman. Sorgularında sorun olabilir. Ya da eklenti, plugin vs. kullanıyorsan kötü kodlanmış olabilir. Cache kullanma imkanın varsa cok yardımı olur. Yada forumda optimizasyon işi yapan arkadaşlar var onlara ulaşabilirsin.