Hocam index atmaları için herhangi bir htaccess ayarı yapmaları gerekmiyor index kullanmaları yeterli. Null sürüm kullaniyorsan Sitende bi cok açık bulunması normaldir. Zaten iran hack denen grupta bu şekilde sitene Index atmıştir. Senin yapman gereken ya bu açıkları kapatmak yada orjinalini almak. Tabi bunun haricinde çeşitli güvenlik önlemleri de alabilirsin. Örneğin ilk olarak chmod ayarları düzgün bi şekilde yapmani oneririm.