explode ile virgül arasındaki sayıları diziye aktarıp ona göre sql sorgusu yapmanız gerekli.

$idler = explode(",",$_GET["marka"],-1);
$sorgu = "SELECT * FROM marka";
$i=0;

foreach($idler as $id){
$i++;
$sorgu .= " WHERE id =".$id;
if($i != count($idler){
$sorgu .= " AND ";
}

}