Normal olarak bu şekil yaparsın :

Sonra .htaccess düzenleyip javascript dosyalarının arabellek süresini uzatırsın.

ExpiresByType text/javascript "access plus 1 year" gibi... Ama sonuçta yine o javascript dosyası çağırılacak. Bunu yapmadan önce javascript dosyalarını birleştirmek daha iyi olur. Ufak olanları tek dosyada toplamak.

CDN kullanırsan da yöntem aynı sayılır.
https://www.maxcdn.com/one/tutorial/how-to-use-cdn-with-cloudflare/

Onda kod düzenlemene gerek yok.