Disallow: /*.php$
Buda bütün .php uzantılı sayfaları engelliyor sanırım.
htaccess ile link yapısı değişse de sayfalar php olduğu için engelliyor olabilir.
Benimde kafam karıştı şimdi, nereden buldun bu robots.txt dosyasını anlamadım.

"wordpress robots.txt dosyası" diye arama yapıp araştırsan kullandığın dosyada anormal bir durum olduğunu göreceksin.