RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.siten\.com$
RewriteRule ^(.*)$ http://siten.com/ $1 [L,R=301]Yönlendirmeyi yaptıktan sonra
Google webmasters tools >Site Ayarları >Tercih edilen etki alanı
Bu yolu takip ederek gereken düzenlemeyi yapmanı öneririm.