Böyle bir işlemi gerçekleştirme amacını anlayamamış olsam da, bileşen veya modülün css dosyalarını ekleyen kodları silip bu dosyaları kendi dosyanda birleştirerek ve tema dosyandan yükleyerek gerçekleştirebilirsiniz. Fakat bu durumda eğer bileşen veya modülleriniz için güncelleme gerçekleştirirseniz, yaptığınız değişiklikler kaybolacaktır.

Eğer programlama bilginiz varsa yine tema dosyanız içerisinden bu dosyaları dinamik olarak etiketi içerisinden kaldırıp kendi dosyalarınızı ekleyebilirsiniz. Bu durumda güncelleme yapsanız dahi dinamik olarak değiştirileceği için problem yaşamazsınız.

Bunların dışında aşağıdaki eklentileri de ihtiyacınıza göre deneyebilirsiniz.

Aşağıdaki iki eklenti css dosyaları üzerinde kontrolünüzü arttırarak hangi dosyaların nerede ve ne zaman yükleneceği de dahil bir çok denetimi almanızı sağlamaktadır.
1 - Ücretli
http://extensions.joomla.org/extensions/extension/core-enhancements/performance/best-css-js-controller-for-joomla

2- Ücretsiz
http://extensions.joomla.org/extensions/extension/core-enhancements/performance/js-css-control

Aynı zamanda Cache bileşenleri vardır ki bu tip bileşenlerle hem sitenizin hızlanmasını sağlayabilir hem de javascript ve css dosyalarınızı tek bir dosyada birleştirebilirsiniz. JS ve CSS optimize ve birleştirme (merge) desteği de olan bu iki bileşeni ücretsiz şekilde aşağıdaki adresten indirebilirsiniz.

1- JotCahce (Ücretsiz)
http://extensions.joomla.org/extensions/extension/core-enhancements/performance/jotcache

2- JCH Optimize (Ücretsiz)
http://extensions.joomla.org/extensions/extension/core-enhancements/performance/jch-optimize

Umarım işinizi görür.