1. Yaptığınız işleme bakıyor. Diyelim bir apache kurdunuz hatalar oluştu apacheyi silip yeniden kurabilirsiniz. Ama centos (linux) un kendisinde bir takım sorunlar olabilir, ip yapılandırmasında oluşan hatalar yüzünden netten kopabilir bu zaman sıfırlamanız lazım.
2. Ddos atağını bir çok firma sunmaz. Maliyeti yüksektir, fiziki firewall felan lazım. Cloudflare gibi sistemlerle azda olsa önlemek mümkündür.
3. Panelsiz üst düzey bilgi olmasa bile en azından orta seviyede bir bilgiye ihtiyacınız olacaktır. Subdomain gibi işlemler cname dns yöntemleriyle yapabilirsiniz.
4. Basit şeylerden başlayarak. Firewalda port izinlerini verebilir, ssh portunu değişebilirsiniz mesela.
Rica ederim, iyi forumlar.