domain dns ayarlarını yaptıktan sonra vps'ye cpanel kurun. ordan devam edin.
putty ile ssh bağlantısı ve update yaptıktan sonra

cd /home
wget http://layer1.cpanel.net/latest
sh latest

ardından da ioncube ihtiyacınız varsa

/scripts/phpextensionmgr install IonCubeLoader

ardından domain.com/whm adresine girip create account deyin ve domaini oluşturun.

daha sonra cpanel üzerinden her şeyi tamamlayabilirsiniz. Aslında ben tam soruyu anlamamış olabilirim. Ama anladığım boş bir sunucuya site kurulumunu soruyorsunuz ben de ücretli çözüm cpanel öneriyorum. deneme süresi sonunda da satın alın işiniz görülsün.