SSL sertifikası varsa bir ihtimal ondan olabilir. Ama SSL de dosyaları değil bağlantıyı şifreler. Bir de resmi script ile mi atıyorsunuz yoksa direkt FTP ye mi yüklüyorsunuz? Script ile yüklüyorsanız ondan kaynaklanıyor olabilir. Direkt FTP'ye atmayı deneyin.