Temada yapılan ayarlar veritabanındaki wp_options tablosuna kaydolur.Dosyalar ile ilgisi yoktur.Ancak site tasarımında dosya üzerine bir değişiklik yapılmış ise (style.css header.php vs.)o zaman değişiklikler orjinal tema ile değişecektir :)
Ben farklı birşey anlattığımı düşünmüyorum. :)