Öncelikle kategorilerin altında olmayan bir menü olmaması bir sorun değil, sadece zevk meselesi.
1.Sorunda özelleştir'i aslında kullanmana gerek yok. Eğer temanın özel bir paneli varsa oradan logo değiştirebilme imkanınız vardır. Yoksa FTP bağlanıp kodların içinden değiştirmelisiniz. Bu konuda yardım edebilirim.
2.Soruna da yardım edebilirim eğer teamviewerla bağlanmama izin verirseniz.
3.Sorunda da eğer bir menü özelliği yapılmamışsa FTP'den el ile düzenlemeniz gerekir.

Not: Arkadaşlar arkadaşa yardım etmeye çalıştım ama çok ilginç bir durumla karşılaştım. footer.php, index.php ve functions.php gibi dosyaları düzenlesen, silsen bile temaya düzenleyemiyorsun onu geç zarar bile veremiyorsun. Bütün dosyalara baktım ama birşey bulamadım. Belki önbellek yüzündendir dedim. Btunnel ile baktım tık yok. Gizli sekmede baktım yine bir şey yok. Sorunu çözene helal olsun..