bootstrapta bildiğim kadarıyla 1 adet responsive menüye izin veriliyor yani hangi responsive menüye basarsan bas kod sırasındaki ilk menü açılır. bunun 2 çözümü var ya kendi media nı yazacaksın yada o menü çok fazla önemli değilse mobil görünümde gizleyeceksin. bende çok bilgili değilim ama son dediklerim gibi yapman gerekiyor büyük ihtimal özelden iletişime geçebilirsin.
Üstteki arkadaşın da dediği gibi menu id değerlerini değiştirerek istediğiniz kadar responsive menü kullanabilirsiniz. Örnek bootstrap menü;
Kalınlaştırdığım yerler, menü için id değerleri. her menü için bu id değerlerini değiştirmenüz gerek. Butonun açıp kapayacağı div seçicisini belirler bunlar.