Herhangi bir zararı yok. Fonksiyonlar sadece kod bütünlüğü sağlar.

Örneğin her dakika $_SESSION kodlarını temizleme işlemine/doğrulama işlemine vs. tabi tutuyorsanız bunu tek seferde fonksiyonda yaparsınız yazım kolaylığı olur. Aynı kodları tekrar tekrar yazmamış, hepsini fonksiyonu yazarak halletmiş olursunuz.

Bu tarz şeyler yapmıyorsanız sadece veri kaydet/çek işlemi yapıyorsanız $_SESSION olarak kullanın.