cd /usr/local/apps/nginx/etc/conf.d

satırına gidin.

nano common

yapın ve ctrl+v yapa yapa en alta inin ve aşağıdakini yapıştırın.
try_files $uri $uri/ /index.php?$args;


ctrl+x enter diyip kayıt edip çıkın.

daha sonra

/etc/init.d/nginx restart

permalinkler sorunsuz çalışacaktır.