cd /usr/local/apps/nginx/etc/conf.d
satırına gidin.
nano common
yapın ve ctrl+v yapa yapa en alta inin ve aşağıdakini yapıştırın.
try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
ctrl+x enter diyip kayıt edip çıkın.
daha sonra
/etc/init.d/nginx restart
permalinkler sorunsuz çalışacaktır.
Hemen apache yi kaldırıp deniyorum.Yazıcam buraya tekrar,teşekkürler.