Merhabalar, sizin yaşadığınız sorunun aynısını kendi hazırlamış olduğum yönetim paneli sisteminde yaşamıştım. Sorunun çözümüne sitemden ulaşabilirsiniz.

http://www.mahmuthan.com/mysql-turkce-karakter-sorunu-cozumu-mysql-encoding-issue-with-turkish-characters-solving/