Kolaydan zora şunlara bi bak;

1. ayarlardan yorumlarına açtığına emin misin?
2. ayarların haricinde her yazı için yorumlara izin verilmiş mi?
3. single.php içinde comments i çağıran bir alan var mı?
4. temanın içindeki comments.php dosyası düzgün mü?
5. wp-config.php de WP_DEBUG ve WP_DEBUG_DISPLAY değerlerini true yapıp sayfada yorumla ilgili bir hata gözüküyor mu diye baktınız mı?