O zaman, header'ın container class ya da idsini bulup position değerini fixed yaparsanız sorununuz hallolur herhalde.
Menünüzün ana divlerine position:fixed ile z-index:1000 eklerseniz olacaktır sanırım.
Anladım hocam lakin, şuan ki header menü yetmiyor. Temaya ek olarak tepeye de bir menü koymak istiyorum :)