O şekilde eklersen olmaz çünkü footerı o an anaklasörde çağırıyor ve js dosyanı anaklasörde arıyor
Ya js dosyasını anaklasöre ( httpdocs yada public_html ) atmalısın yada ,
şu şekilde eklemelisin ;

<script></script>
olarak çağırırsan jsyi işini görecektir.