İstediğiniz dizine istediğiniz scripti kurabilirsiniz fakat bunun için bütün bileşenleri manuel olarak kurmanız ve ayarlamanız gerekir. Vhost dosyanızda document root olarak nereyi gösterirseniz script dosyalarını oraya atabilirsiniz.
Ubuntuya vestacp kurup gönül rahatlığıyla kullanabilirsiniz. Kurulumu ve kullanımı oldukça basittir.
http://www.o12.org/vestacp-nasil-kurulur.html