1- "urls" tablosundaki "url_link" sütunundaki değerler mysqli_real_escape_string() ve urlencode() fonksiyonlarından geçirilerek mi kaydediliyor?
2- 10. satırdaki kodun aşağıdaki şekilde olması gerek.
return json_encode(array("url" => $row["url_short"]));

Gözüme çarpan bu 2 madde var.