"Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1650 v2 @ 3.50GHz (12 core(s)) + 64 GB RAM + SSD Disk"

çok büyük bir sunucudan bahsediyorsunuz. bu büyüklükte nice hosting firmaları sunucu taşıyor.

yapılandırmanızda çok ciddi sorunlar var demek ki.
ve siz de; şunu düzenleyeyim, şunu ekleyeyim derken bir kaç yerde hata yapmış ve kısırdöngülere yol açmış olabilirsiniz.