Rica ederim ilave ve son olarak lemp sonrası gelen php 5.6 çalışmayacaktır onu kaldırıp php 5.4 kurarsanız sorunsuz çalışacak. Pagespeed kurulumunu önermedim fakat vestadaki gibi apache ve nginxi birlikte kullanabilirsiniz bunun için aşağıdaki resimlere bakınız. Bu şekilde permalink problemide ortadan kalkacaktır.

Böylece Nginxi apache önünde proxy olarak kullanmış ve daha hızlı bir sunucu elde etmiş olduk.

Aynı zamanda permalinklerde çalışıyor.

İyi çalışmalar.